Sekretariát ředitele 

Ekonomické oddělení

Uměleckohistorické oddělení

Historické oddělení

Oddělení dokumentace a informatiky

Knihovna

Oddělení služeb a recepce

Oddělení muzejní pedagogiky

Archeologické oddělení

Přírodovědné oddělení

Dokumentační centrum architektury

Konzervátorské oddělení

Oddělení výstavní a prezentační

Správa budov